Im Auftrag des Bundes verwaltet die BAG EJSA Fördermittel aus verschiedenen Bundesprogrammen. Sie gewährleistet die zeitnahe Weiterleitung der Mittel an die Einrichtungen in evangelischer Trägerschaft, deren sachgemäße Verwendung und korrekte Abrechnung. Darüber hinaus berät und begleitet sie Mittelempfänger*innen innerhalb ihrer Strukturen.